L’église Saint-Germain de Genève est une église catholique située à Genève, en Suisse. L'édifice actuel, de style gothique, date du XVe siècle et a été érigé sur les fondations d'une basilique chrétienne primitive du IVe siècle, suivie par une église romane du XIIe siècle, rénovée en 1334 après un incendie. Attachée à la paroisse éponyme, Saint-Germain était l'une des sept paroisses de Genève avant la Réforme.

Le quartier environnant est ancien, avec une structure urbaine inchangée depuis le Moyen Âge. C'était un secteur modeste, habité par des artisans tels que bouchers et boulangers. En 1372, un édit imposa l'utilisation de matériaux ignifuges pour les constructions. Le quartier accueillait librement des familles juives dès 1396, mais celles-ci furent reléguées au ghetto de Cancel en 1428, puis expulsées en 1490.

Saint-Germain fut le lieu où la Réforme protestante fut prêchée pour la première fois à Genève en 1535, notamment par Guillaume Farel. Pendant cette période, l'église servit aussi de grenier, arsenal et même de boucherie jusqu'en 1554. Elle reprit son rôle religieux au XVIIIe siècle comme sanctuaire protestant, remplaçant temporairement la cathédrale Saint-Pierre.

En 1803, sous le concordat de Napoléon, l'église redevient catholique. Saint-Germain, avec ses œuvres d'art reçues en 1805, est classé monument historique en 1921. Restaurée en 1906 et à nouveau en 1999, l'église est déclarée bien culturel suisse d'importance nationale. En 2008, deux nouvelles cloches furent ajoutées pour célébrer le centenaire de la restauration du clocher.