Perly-Certoux, commune du canton de Genève, est située à la frontière française, sur l'axe reliant Genève à Saint-Julien-en-Genevois, près de l'autoroute de contournement de Genève. Bien qu'elle abrite une zone commerciale et artisanale le long de cet axe urbanisé, Perly-Certoux conserve un caractère rural, notamment au nord-ouest où se trouve une large bande de verdure traversée par la rivière de l'Aire, bordée de bois et de terres agricoles.

La commune, qui s'étend sur 2,53 km², est principalement résidentielle, avec quelques exploitations agricoles et viticoles dans les villages de Certoux et Perly. Ce dernier est l'emplacement d'une villa gallo-romaine, mise au jour par l'archéologue Louis Blondel dans les années 1920 et 1930, et fouillée plus en détail entre 2009 et 2010. Les fouilles ont révélé des vestiges remontant jusqu'au Néolithique, témoignant de l'occupation continue du site à travers les âges.

Perly-Certoux n'a jamais eu d'église propre, les vestiges retrouvés suggèrent un petit hameau médiéval. Historiquement, avant la Réforme, les villages de Perly et Certoux étaient sous la juridiction de la seigneurie de Ternier. Après diverses dominations, ils sont rattachés au canton de Genève en 1815, et la commune actuelle est créée en 1821, suite à la division de Compesières.