Montfaucon est une commune du canton du Jura, située dans les Franches-Montagnes. Historiquement, au Moyen Âge, elle servait de centre pour l'ensemble des habitants du haut-plateau des Franches-Montagnes. Une bulle papale d'Innocent II, datée de 1139, mentionne Montfaucon ainsi que d'autres paroisses comme Epauvillers, Chercenay (aujourd'hui Soubey) et Planei (aujourd'hui Saint-Brais). Le village de Goumois est également cité dès 1177. La quête d’autonomie des villages voisins a mené à la création de nouvelles paroisses : Noirmont en 1596, Bois en 1619, Saignelégier en 1629, Breuleux en 1661, et Pommerats en 1783.

Sous l'occupation française de 1793 à 1815, Montfaucon faisait partie du département du Mont-Terrible, puis du Haut-Rhin après 1800. Suite au Congrès de Vienne en 1815, le territoire fut attribué au canton de Berne. Depuis le 1er janvier 1979, Montfaucon est intégré au canton du Jura. Le 1er janvier 2009, la commune de Montfavergier a été rattachée à Montfaucon.

L’église Saint-Jean-Baptiste, conçue par l’architecte Frésard en 1831, a été consacrée en 1864 et restaurée en 1998. Ce grand édifice néo-classique présente un intérieur orné de stucs, un maître-autel en forme de sarcophage, et un buffet d'orgue réalisé par les frères Wetzel de Strasbourg. Parmi les bâtiments notables, on trouve l'Hôtel du Lion d'Or du milieu du XIXe siècle et l'ancienne usine Alphonse Miserez & Cie construite en 1955 par Louis Pizzera.