Alle est une commune située dans le canton du Jura, au sein du district de Porrentruy. Son histoire est riche et diversifiée, avec des traces remontant à la préhistoire. Lors des fouilles archéologiques réalisées pour la Transjurane, un site du Moustérien, datant de 120 000 à 35 000 ans avant notre ère, a été découvert. Ce site a révélé des dizaines de milliers d'outils en silex et en quartzite, témoignant d'un ancien atelier de taille.

Des vestiges trouvés au milieu du XIXe siècle ont aussi attesté d'une occupation romaine à Alle. Le nom de la localité apparaît pour la première fois en 797 dans un document où l'évêque de Metz confirme une donation de propriétés, dont Alle, au comte Walmerus. Au fil des siècles, Alle a été rattachée au Comté de Montbéliard avant de devenir la propriété des princes-évêques de Bâle.

Au XIIe et XIIIe siècles, le village possédait un château fortifié habité par la famille noble d'Alle. Après leur disparition au XIVe siècle, les armoiries de cette famille ont été adoptées par la commune. Au cours de la Guerre de Trente Ans, en 1634, le village fut incendié par les Suédois, puis en 1637, par les Français. Une nouvelle famille noble, les Valoreille, s’installa à Alle et résida dans un château devenu plus tard l'Hôtel de la Gare.

De 1793 à 1815, Alle fit partie de la France, d'abord dans le département du Mont-Terrible, puis du Haut-Rhin. En 1815, suite au Congrès de Vienne, la commune fut intégrée au canton de Berne, avant de rejoindre le canton du Jura en 1979.