La commune de Clos-du-Doubs, située dans le canton du Jura et le district de Porrentruy, est le résultat de la fusion de plusieurs communes le 1er janvier 2009. Les anciennes entités regroupées sont Épauvillers, Épiquerez, Montenol, Montmelon, Ocourt, Saint-Ursanne et Seleute. En s'unissant, ces villages ont formé la commune de Clos-du-Doubs, qui se distingue comme la seule commune suisse située sur la rive gauche du Doubs.

Clos-du-Doubs est au cœur de la région éponyme, aux côtés de Soubey. Cette région, incluant des villages tels qu'Épiquerez, Épauvillers et Montenol, a longtemps été perçue comme une enclave en raison du nombre limité et de la largeur insuffisante des ponts traversant le Doubs. Cette situation géographique particulière a marqué l'histoire et le développement de la région.

Le territoire de Clos-du-Doubs couvre une superficie de 61,77 kilomètres carrés. Grâce à sa récente formation, la commune bénéficie d'une organisation administrative modernisée, tout en conservant le charme et l'identité de ses villages historiques.