Les Enfers est une commune située dans le district des Franches-Montagnes, dans le canton du Jura. Perché à une altitude de 955 mètres, ce village se trouve à environ 5 kilomètres au nord-est de Saignelégier, la capitale du district. Niché sur un plateau élevé, Les Enfers se situe au sud de la vallée du Doubs, à proximité de Montfaucon.

Le territoire de la commune se déploie principalement sur ce plateau jurassien, avec des terrains variés comprenant marécages, pâturages, champs et forêts. Le point culminant de la commune est le Begnon, situé à l'ouest du territoire, atteignant une altitude de 1 022 mètres. Ce point élevé offre une vue panoramique sur les alentours.

À l'est, le terrain descend doucement vers les flancs sud de la vallée du Doubs, région connue localement sous les noms de Côte du Bouvier et Côte de Sciet. Le territoire des Enfers couvre une superficie de 7,14 km², offrant une diversité de paysages naturels typiques des Franches-Montagnes.